Docking

Docking Studies on Anticancer Drugs for Breast Cancer Using Hex

... displaying feasible docking modes of pairs of protein and DNA molecules. Hex can also calculate Protein-Ligand Docking, assuming the ligand is rigid, and it can superpose pairs of molecules using only knowledge of their 3D shapes [8]. It uses Spherical Polar Fourier (SPF) correlations to accelerate the calculations and its one of the few docking programs ... their SMILES notation obtained from Drug Bank and the structural analogues of these drugs were sketched. The docking analysis of Raloxifene and Toremifene with Human estrogen receptor was carried by HEX docking software. ISBN: 978-988-17012-2-0 Docking allows the scientist to virtually screen a database of compounds and predict the strongest binders ... process, which involves variety of methods to identify novel compounds. One such method is the docking of the drug molecule with the receptor (target). The site of drug action, which is ultimately responsible for the pharmaceutical effect, is a receptor [4]. Docking is the process by which two molecules fit together in 3D space. II. TOOLS & MATERIALS
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Molecular docking and dynamic studies of human growth factor receptorbound protein (Grb) 2 insights to identify novel inhibitors

... dataset for further docking analysis. Multiple docking analysis Docking studies were carried out with 3500 compounds against Grb2 and applied for HTVS, SP and later with XP modes of docking. 1000 compounds were obtained from HTVS process with score of 6.0 kcal/mol-1 and 4 hydrogen bonds. They were subjected to another round of docking by SP. Top ... better drugability using LigPrep12 with Epik.13 Molecular docking and G calculations The ligands were docked in to grid by applying high throughput virtual screening (HTVS), standard precision (SP) and extra precision (XP) docking modes of rigid receptor docking (RRD).9 G of the best ranked docking complexes were calculated and compared with crystal ... Grb2-lead1 and Grb2-co-crystal ligand docking complexes 254 Novel inhibitors of Grb2 Sandeep et al Figure 2: Docking interactions; (A) Interactions of Grb2 with crystal ligand; Lead 1 interactions with Grb2 in (B) QPLD and (C) MD simulations; QPLD = Quantum polarized ligand docking; MD = Molecular dynamics Table 1: Docking scores and G scores
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Algoritmos para o problema de roteamento de veículos com cross-docking

... ALGORITMOS PARA O PROBLEMA DE ROTEAMENTO DE VEÍCULOS COM CROSS -DOCKING VINÍCIUS WELLINGTON COELHO DE MORAIS ALGORITMOS PARA O PROBLEMA DE ROTEAMENTO DE VEÍCULOS COM CROSS -DOCKING Dissertação apresentada ao Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação do Instituto de Ciências Exatas ... resultados obtidos mostram a eficiência das soluções implementadas. Palavras-chave: Roteamento de Veículos, Cross -Docking, Heurística, Matheurística, Otimização Combinatória. xi Abstract This work addresses the Vehicle Routing Problem with Cross -Docking. Given a set of goods requests, a single Cross-Dock (CD), and several suppliers and customers, the ... fornecedores/consumidores e o CD [Liao et al., 2010]. A partir desta observação Lee et al. [2006] definiram o Problema de Roteamento de Veículos com Cross -Docking (VRPCD, do inglês Vehicle Routing Problem with Cross -Docking) . No VRPCD são dados um único centro de consolidação, um conjunto de requisições, múltiplos fornecedores e consumidores, em que cada requisição
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Telurooxetanas : estudos cristalográficos, modelagem molecular e cálculos de docking para aplicação biológica

... (3E)-2-cloro-3-(cloromethilidene)-2-(4-metoxifenil)-1-oxa-2λ4telluraspiro [3,6]decano. 4.1.2. Composto(2) : (3E)-2-cloro-3-(clorometilidene)-2 λ4- 4-telluraspiro[3,5]nonano 4.2 Resultados do estudo de docking. 4.2.1 Validação da Metodologia – Redocking. 4.2.2 Estudos de docking - Telurooxetanas. 4.2.2.1 Cálculos realizados com os ligantes neutros. 4.2.2.1.1 Discussão dos resultados obtidos para os ligantes neutros. 4.2.2.2 ... complexo formado. A análise teórica-computacional da interação do ligante com o receptor geralmente é feita utilizando-se a metodologia de docking molecular. Vários exemplos de docking molecular são descritos na literatura. Simulações de docking já foram utilizadas no Laboratório de Cristalografia, Estereodinâmica e Modelagem Molecular – LaCrEMM, entre outros estudos, ... computacionais que permitem realizar estudos de docking molecular. A propriedade mais importante que tais programas devem possuir é a habilidade de reproduzir os resultados experimentais, geralmente cristalográficos.   O docking molecular é realizado com auxilio de programas computacionais que utilizam diferentes algoritmos de docking. A utilização dos programas
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Docking de compostos da família das ariloxazinas em enzimas relacionadas com a malária

... - Figura 38 - Figura 39 - A. Saídas obtidas no redocking da pirimetamina na DHFR-TSPf duplo mutante; em line (azul) as saídas e em stick (colorido) o ligante cristalográfico. B. Em azul, uma das soluções obtidas no redocking e, em colorido, o ligante cristalográfico na DHFR-TSPf quádruplo mutante 71 A. Redocking da CQH na LDHPf. Em line (azul) estão ... Paradigma – Bioinformática Estrutural ........................... 23 1.2.1 O Docking Molecular .................................................................. 24 1.2.1.1 Algoritmos Genéticos Aplicados ao Docking Molecular ............... 25 1.2.1.2 GOLD – Genetic Optimisation for Ligand Docking ...................... 31 1.3 A Escolha das Macromoléculas Alvo ... possam atuar como compostos líderes na busca por novos fármacos contra a malária. Palavras-chave: Docking. Ariloxazinas. Glutationa Redutase. Diidrofolato RedutaseTimidilato Sintase. Lactato Desidrogenase. Plasmodium falciparum. Malária. 6 CORRÊA, D. S. Docking of arilloxazines in enzymes related to malaria. 2010. 155f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia)
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Proposta de protocolos de segurança para a prevenção, a contenção e a neutralização de agente agressor bioativo em incidentes bioterroristas e estudo por docking molecular do fator letal do Bacillus anthracis (Antraz)

... pulmonar com alargamento do mediastino..............................................................38 6 - Docking molecular...............................................................................................................45 7 - O processo de redocking......................................................................................................53 8 ... BIOTECNOLOGIA Dissertação de Mestrado “PROPOSTA DE PROTOCOLOS DE SEGURANÇA PARA A PREVENÇÃO, A CONTENÇÃO E A NEUTRALIZAÇÃO DE AGENTE AGRESSOR BIOATIVO EM INCIDENTES BIOTERRORISTAS E ESTUDO POR DOCKING MOLECULAR DO FATOR LETAL DO Bacillus anthracis (ANTRAZ)” WALKMAR SILVA NEGRÉ Dissertação de Mestrado apresentada ao Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia da Universidade Federal ... UFSCar N385pp Negré, Walkmar Silva. Proposta de protocolos de segurança para a prevenção, a contenção e a neutralização de agente agressor bioativo em incidentes bioterroristas e estudo por docking molecular do fator letal do Bacillus anthracis (Antraz) / Walkmar Silva Negré. -- São Carlos : UFSCar, 2011. 119 f. Dissertação (Mestrado) -- Universidade Federal de São Carlos,
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Modelagem molecular de derivados pirimidínicos e estudos de docking nas enzimas ciclooxigenase 1 e ciclooxigenase 2

... Ciclooxigenase 2, Pirimidinas, Docking, Modelagem Molecular. ARMELIN, P. R. G. Molecular Modeling of pyrimidine derivatives and docking studies in the enzymes cyclooxygenases 1 and 2. 2010. 124f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia)- Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2010. ABSTRACT In this research molecular docking was used to study ... vindo. ARMELIN, P. R. G. Modelagem molecular de derivados pirimidínicos e estudos de docking nas enzimas ciclooxigenase 1 e ciclooxigenase 2. 2010. 124f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia)- Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2010. RESUMO Neste trabalho, o docking molecular foi utilizado para o estudo da formação de complexos alvoligante ... de derivados pirimidínicos e estudos de docking nas enzimas ciclooxigenase 1 e ciclooxigenase 2 / Paulo Roberto Gabbai Armelin. -- São Carlos : UFSCar, 2011. 124 f. Dissertação (Mestrado) -- Universidade Federal de São Carlos, 2010. 1. Biotecnologia. 2. Ciclooxigenase 1. 3. Ciclooxigenase 2. 4. Pirimidinas. 5. Docking. 6. Modelagem molecular. I. Título. CDD:
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