Feedback

Significance of C-reactive Protein in the Endoscopic Retrograd Cholangiopancreatography Related Pancreatitis

 0  8  5  2017-02-03 12:31:03 Report infringing document
Documento informativo
Orijinal Research Araþtýrm a Original Significance of C-reactive Protein in the Endoscopic Retrograd Cholangiopancreatography Related Pancreatitis Endoskopik Retrograd Kolanjiopankreatografi Sonrası Pankreatitin Takibinde C-reaktif Proteinin Önemi ERKP Sonrası Pankreatitte CRP / CRP in the Post-ERCP Pancreatitis Mete Akın1, Muhammed Cem Koçkar2, Gökhan Aksakal3, Altuğ Şenol2 1Gastroenteroloji Bilim Dalı, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi, Antalya, 2Gastroenteroloji Bilim Dalı, Süleyman Demirel Üniversitesi, Isparta, 3Gastroenteroloji Kliniği, Karabük Üniversitesi Karabük Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Karabük, Türkiye Çalışma 26-30 Eylül 2012 tarihinde Kıbrıs’ta düzenlenen 9. Ulusal Hepatogastroenteroloji Kongresinde poster olarak sunulmuştur. Özet Amaç: Endoskopik retrograd kolanjiopankreatografi (ERKP) başta pankreatit olmak üzere birçok komplikasyona neden olabilir. Komplikasyonların ciddiyetinin öngörülebilmesi morbidite ve mortaliteyi azaltabilir. C-reaktif protein (CRP) bu komplikasyonların öngörülmesi ve ciddiyetinin belirlenmesinde güvenilir ve doğru bilgiler verebilir. Çalışmamızda ERKP uygulanan hastalarımızda CRP seviyelerinin işlem sonrası pankreatitin takibindeki önemi araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışma için değişik endikasyonlarla ERKP yapılan 476 hasta retrospektif olarak incelendi. İşlemden önce ve 12-24 saat sonra serum amilaz, lipaz ve CRP seviyeleri ölçülmüş olan 136 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastalar işlem sonrası pankreatit gelişimi ve CRP seviyelerindeki değişiklik açısından değerlendirildi. Ayrıca pankreatit gelişen ve işlemden 36-48 saat sonra serum amilaz, lipaz ve CRP seviyeleri de ölçülen 22 hastada, CRP’nin pankreatitin takibi ve ciddiyetini öngörmedeki yeri araştırıldı. Pankreatit hafif, orta ve ciddi olarak sınıflandırıldı. Bulgular: 136 hastanın 23’ünde (% 17) ERKP sonrası pankreatit saptandı (9 hastada hafif, 14 hastada orta derecede). İşlemden sonraki 12-24. saatte ortalama CRP seviyeleri (mg/l) komplikasyon olmayanlarda 23,5 ± 24,18, pankreatiti olanlarda 59,2 ± 44,87 idi (p<0,05). Hafif ve orta derecede pankreatiti olanlarda, işlemden 12-24 saat sonraki ortalama CRP seviyesi (mg/l), sırasıyla, 30,8 ± 14,24 ve 77,5 ± 48,66 (p<0,05), 36-48 saat sonraki değerler ise 37,7 ± 20,73 ve 84,6 ± 48,31 idi (p<0,05). ROC eğrisi analizi ile CRP’nin anlamlı cut-off değerleri, 12-24. saat ve 36-48. saat için sırasıyla 41 mg/l ve 45 mg/l olarak bulundu. Tartışma: ERKP sonrası serum CRP seviyelerinin takibi, işlem sonrası pankreatit gelişiminin ve ciddiyetinin öngörülmesinde kullanışlı bir yöntemdir. Abstract Aim: Endoscopic retrograde cholangiopancreatography (ERCP) may be related with complications such as pancreatitis. C-reactive protein (CRP) can be provides reliable informations about post-ERCP complications and their severity. In our study, the role of CRP levels in the follow-up post-ERCP pancreatitis was investigated. Material and Method: 476 patients, whom performed ERCP for different indications, were retrospectively evaluated. 136 patients with measurement of serum amylase, lipase and CRP levels before and 1224 hours after the procedure were included the study. Alterations of these parameters in complicated and uncomplicated patiens were investigated. The role of CRP in the follow-up and prediction of severity of pancreatitis was investigated in 22 complicated patients with measurement of serum amylase, lypase and CRP levels 36-48 hours after the procedure. Pancreatitis were classified as mild, moderate, or severe. Results: Post-ERCP pancreatitis occured in 23 (17%) patients (9 mild and 14 moderate pancreatitis). The mean CRP levels (mg/l) at 12 to 24 hours were 23,5 ± 24,18 in uncomplicated patients, and 59,2 ± 44,87 in patiens with pancreatitis (p<0,05). The mean CRP levels (mg/l) at 12 to 24 hours were 30,8 ± 14,24 in mild pancreatitis and 77,5 ± 48,66 in moderate pancreatitis (p<0,05). The levels, respectively, at 36 to 48 hours were 37,7 ± 20,73 and 84,6 ± 48,31 (p<0,05). In the ROC curve analysis, significant cut-off values of CRP levels at 12 to 24 and 36 to 48 hours were 41 mg/l and 45 mg/l, respectively. Discussion: The follow-up of serum CRP levels after ERCP is a useful method for predicting and determining of severity of post-ERCP pancreatitis. Anahtar Kelimeler Endoskopik Retrograd Kolanjiopankreatografi; Pankreatit; C-Reaktif Protein Keywords Endoscopic Retrograde Cholangiopancreatography; Pancreatitis; C-Reactive Protein DOI: 10.4328/JCAM.3567 Received: 02.05.2015 Accepted: 27.05.2015 Printed: 01.08.2015 J Clin Anal Med 2015;6(suppl 4): 462-6 Corresponding Author: Mete Akın, Gastroenteroloji Bilim Dalı, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Antalya, Türkiye. GSM: +905055732010 E-Mail: drmeteakin@hotmail.com 462 | Journal of Clinical and Analytical Medicine ERKP Sonrası Pankreatitte CRP / CRP in the Post-ERCP Pancreatitis Giriş ERKP pankreas ve safra yollarının benign ve malign hastalıklarının tanı ve tedavisinde önemli yer tutan bir işlemdir. Günümüzde başta manyetik rezonans görüntüleme/manyetik rezonans kolanjiopankreatografi ve endoskopik ultrasonografi olmak üzere tanı yöntemlerindeki gelişmeler nedeniyle daha ziyade tedavi amacıyla kullanılmaktadır. ERKP çeşitli komplikasyonlarla ve nadiren mortalite ile ilişkili olabilen bir işlemdir. En sık görülen komplikasyonu pankreatittir. Literatürde bildirilen ERKP ile ilişkili komplikasyon oranları, komplikasyonların tanımlanmasındaki farklılıklar nedeniyle değişiklik gösterebilmektedir [1]. Bu komplikasyonların ve seyrin önceden öngörülebilmesi risk ve mortaliteyi azaltmak açısından önemlidir. Bu amaçla en sık görülen ve en önemli komplikasyonlardan olan pankreatitin öngörülebilmesi için bazı biyokimyasal belirteçler araştırılmıştır. Serum ve idrarda amilaz ve tripsinojen-2 seviyeleri ERKP sonrası pankreatit gelişmi ile korele bulunmuştur [2]. Serum lipaz seviyesi pankreatik hasarı göstermede amilaz seviyesinden daha duyarlı bir göstergedir [3]. C-reaktif protein (CRP) hepatositlerden salınan bir akut faz proteinidir ve doku hasarı ile infeksiyöz komplikasyonlar hakkında fikir verebilir [4]. ERKP sonrası pankreatitin öngörülmesi ve ciddiyetinin belirlenmesinde de güvenilir ve doğru bilgiler verir ancak en çok 24-48. saatte faydalı olmaktadır. Bu çalışmada, Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Bilim Dalı’nda, safra yolları ve/veya pankreas hastalıkları nedeniyle ERKP uygulanan hastalarımızda, CRP seviyelerinin işlem sonrası pankreatitin takibi ve ciddiyetini öngörmedeki yeri ve öneminin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem Hastaların Seçimi: Çalışma için, pankreas ve/veya safra yolları hastalıkları nedeniyle ERKP yapılan 476 hasta retrospektif olarak incelendi. Bu hastalar arasından işlem öncesi ve işlemden 12-24 saat sonra serum amilaz, lipaz ve CRP seviyeleri ölçülmüş olan 196 hasta belirlendi. Son bir ay içerisinde ERKP uygulanmış olan 3 hasta ile işlem öncesi kolanjiti ve/veya pankreatiti olan 57 hasta olmak üzere toplam 60 hasta çalışmadan çıkarıldı. Sonuç olarak toplam 136 hastada işlem sonrası komplikasyon gelişimi ve serum amilaz, lipaz ve CRP seviyelerinin takibi değerlendirildi. Pankreatit geliştiği tespit edilen ve işlemden 36-48 saat sonraki serum amilaz, lipaz ve CRP seviyeleri de değerlendirmeye alınan 22 hastada, CRP’nin pankreatitin takibi ve ciddiyetini belirlemedeki önemi araştırıldı. ERKP Prosedürü: ERKP işlemi Fujinon ED-450XT5 (Tokyo, Japan) marka duodenoskop kullanılarak floroskopi eşliğinde gerçekleştirilmişti. İşlem öncesi her hastaya proflaksi amacıyla seftriakson 1 g, sedasyon amacıyla midazolam ve barsak kasılmalarını azaltmak amacıyla hiyosin N-metil bromür intravenöz uygulanmıştı. Laboratuar Testleri: Serum amilaz ve lipaz aktiviteleri Olympus AU 2700 (Mıshima Olympus Co. Ltd, Japan) otomatik analizöründe, spektrofotometrik yöntemle, referans aralığı amilaz için < 100 U/L, lipaz için < 67 U/L olacak şekilde çalışılmıştı. CRP ölçümleri Delta cihazında (Rome, Italy), ticari marka kitler (Radim Spa, Italy) kullanılarak nefelometrik yöntemle, referans aralığı < 6 mg/l olacak şekilde gerçekleştirilmişti. ERKP Sonrası Pankreatitin Tanımı ve Sınıflandırılması: Pankre- ERKP Sonrası Pankreatitte CRP / CRP in the Post-ERCP Pancreatitis atit, Cotton ve ark.’nın [5] bildirdiklerine uygun olarak aşağıdaki şekilde tanımlandı ve sınıflandırıldı. Pankreatit: İşlemden sonraki 24 saat içerisinde yeni başlayan veya kötüleşen karın ağrısı ile birlikte serum amilaz ve lipaz seviyesinde normalin üst sınırının üç katından fazla yükseklik olması pankreatit olarak tanımlandı. Planlanan hastanede kalış süresinin 2-3 gün uzaması hafif, 4-10 gün uzaması orta, 10 günden fazla uzaması ve hemorajik pankreatit, flegmon, psödokist, cerrahi veya perüktan drenaj gerektiren durum ciddi pankreatit olarak sınıflandırıldı. İstatistiksel Analiz: Veriler ortalama ± standart deviasyon (SD) şeklinde sunuldu. Gruplar arası kantitatif verilerin karşılaştırılmasında Student t testi, kategorik verilerin karşılaştırılmasında ki-kare veya kesin Fisher testleri kullanıldı. Gruplar arası korelasyon varlığı Pearson korelasyon analiziyle araştırıldı. Serum CRP değerlerinin pankreatitin şiddetini öngörmede tanısal karar verdirici özellikleri ve cut-off değerleri Receiver Operating Characteristics (ROC) eğrisi analizi ile incelenedi. İstatistik değerlendirme SPSS for Windows 11.0 programıyla gerçekleştirildi. Anlamlılık sınırı p<0.05 olarak kabul edildi. Bulgular Çalışmaya alınan 136 hastanın 76’sı kadın 60’ı erkek olup yaş ortalaması 62,6 ± 16,89 yıl idi. Hastaların ERKP tanıları tablo 1’de belirtilmiştir. Tablo 1. Hastaların ERKP tanıları Tanı Koledokolityazis Kolanjiosellüler kanser Koledokolityazis ve oddi fibrozisi Koledokolityazis ve koledokta darlık Koledokta benign darlık Pankreas kanseri Safra kaçağı Safra yolları ile ilişkili karaciğer kisti Koledokolityazis ve sklerozan kolanjit Oddi fibrozisi Koledokta fasiola Kronik pankreatit Safra kesesi kanseri Sklerozan kolanjit Toplam n% 68 50 15 11 12 9 86 75 64 64 3 2,5 3 2,5 3 2,5 2 1,25 1 0,75 1 0,75 1 0,75 136 100 Çalışmaya alınan 136 hastanın 23’ünde (% 17) pankreatit, 2’sinde (% 1,25) kolanjit ve 1’inde kanama (% 0,75) olmak üzere toplam 26 hastada (% 19) ERKP sonrası komplikasyon saptanmıştı. Bunların 9’unda (% 39) hafif, 14’ünde (% 61) orta derecede pankreatit ve 1 hastada hafif, 1 hastada ise orta derecede kolanjit tespit edildi. Kardiyovasküler riskler ve derin ven trombozu nedeniyle işlem sonrası erken dönemde antikoagulan kullanılması gereken bir hastada ise ciddi derecede kanama görülmüştü (Tablo 2). Çalışmaya alınan tüm hastalarda işlem öncesinde ve işlemden 12-24 saat sonra CRP, amilaz ve lipaz ölçümleri gerçekleştirilmişti. İşlemden 36-48 saat sonra ise pankreatit gelişenlerin 22’sinde bu ölçümler mevcutken komplikasyon gelişmeyen- Journal of Clinical and Analytical Medicine | 463 ERKP Sonrası Pankreatitte CRP / CRP in the Post-ERCP Pancreatitis Tablo 2. Komplikasyonların türü ve derecesine göre hasta sayıları Hafif Orta Ciddi Pankreatit 9 14 - Kolanjit 11- Kanama --1 Toplam 10 15 1 Toplam 23 2 1 26 lerin sadece 2’sinde CRP, 7’sinde ise amilaz ve lipaz seviyelerine bakılmıştı. İşlem öncesi ortalama CRP seviyesi, komplikasyon olmayan hastalarda 18,8 ± 18,86 mg/l iken pankreatiti olan hastalarda 11,8 ± 9,79 mg/l saptandı ve aralarında istatistiksel olarak anlamlı farklılık yoktu (p>0,05). Bu bulguya göre işlem öncesi CRP seviyesinin pankreatiti öngörmede anlamlı olmadığı bulundu. İşlemden 12-24 saat sonraki ortalama CRP seviyesi, komplikasyon olmayanlarda 23,5 ± 24,18 mg/l, pankreatiti olanlarda ise 59,2 ± 44,87 mg/l saptandı. Pankreatit grubunda 12-24. saat CRP seviyesi komplikasyon olmayanlardan anlamlı olarak daha yüksekti (p<0,05). İşlemden 36-48 saat sonraki ortalama CRP seviyesi, komplikasyon olmayanlarda 31,0 ± 33,94 mg/l, pankreatiti olanlarda 68,2 ± 46,22 mg/l olarak bulunmuştu. Komplikasyon olmayan grupta 36-48. saatte sadece 2 hastada CRP seviyesi ölçülmüş olduğu için aradaki farklılık istatistiksel olarak anlamlı değildi (Tablo 3). Tablo 3. Komplikasyonu olmayanlar ile pankreatiti olanların işlem öncesi ve işlemden 12-24 saat sonraki CRP seviyelerinin karşılaştırılması CRP (mg/l) Komplikasyon olmayanlar Pankreatit p değeri İşlem öncesi 18,8 ± 18,86 11,8 ± 9,79 >0,05 12-24. saat 23,5 ± 24,18 59,2 ± 44,87 <0,05 Komplikasyonsuz hastalardaki ve pankreatiti olanlardaki CRP seyri şekil 1’de gösterilmiştir. Şekil 1. Komplikasyonsuz hastalar ile pankreatiti olanlardaki CRP seyri C R P  s eviyes i  (mg/l) Tablo 4. Hafif ve orta derecede pankreatiti olanların, işlem öncesi ve işlemden 12-24 ve 36-48 saat sonraki CRP seviyelerinin karşılaştırılması CRP (mg/l) Hafif pankreatit Orta derece pankreatit p değeri İşlem öncesi 9,7 ± 6,87 13,1 ± 11,33 >0,05 12-24. saat 30,8 ± 14,24 77,5 ± 48,66 <0,05 36-48. saat 37,7 ± 20,73 84,6 ± 48,31 <0,05 Şekil 2. Hafif ve orta derecede pankreatitli hastaların CRP seyirleri 100 80 60 Hafif  pankreatit 40 Orta  derec ede 20 pankreatit 0 İş lem  önc es i 12-­‐24.  s aat 36-­‐48.  s aat 2’de gösterilmiştir. Zaman   ROC eğrisi analizi ile yapılan değerlendirme sonucunda 12-24. saat serum CRP değerlerinin pankreatitin derecesini öngörme- de tanısal değeri olduğu görüldü ve 12-24.saat CRP için cut- off değeri 41 mg/l olarak bulundu (AUC: 0.759, %95 GA:0.542- 0.976, p=0.048). Yine 24-48. saat serum CRP değerlerinin de pankreatitin derecisini öngörmede tanısal değeri olduğu görül- dü ve 36-48.saat CRP için cut-off değeri 45 mg/l olarak bu- lundu (AUC: 0,821, %95 GA:0.641-1.002, p=0.014). Bu değer- ler için sensitivite, spesifite, pozitif ve negatif prediktif değer- ler tablo 5’de, ROC eğrisi şekil 3’de verilmiştir. Yine bu cut-off Tablo 5. Pankreatitin derecesini öngörmede 12-24 ve 36-48. saat CRP cut-off değerleri için sensitivite, spesifite, pozitif ve negatif prediktif değerler CRP Sensitivite Spesifite (Sınır değeri) (%) (%) Pozitif Prediktif Negatif Prediktif Değer (%) Değer (%) 12-24. saat 80,0 70,0 80,0 (>41 mg/l) 70,0 36-48. saat 80,0 71,4 85,7 (>45 mg/l) 62,5 Şekil 3. İşlem sonrası 12-24. saat ve 36-48. saat CRP seviyelerinin ROC eğrisi   ERKP sonrası pankreatiti olan hastalar, kendi aralarında pankreatitin ciddiyetine göre de işlem öncesi, işlemden 12-24 saat ve 36-48 sonraki CRP seviyeleri açısından karşılaştırıldı. Hafif pankreatiti olanlarda ortalama CRP seviyesi, işlem öncesi 9,7 ± 6,87 mg/l iken, orta derecede pankreatiti olanlarda 13,1 ± 11,33 mg/l bulundu ve farklılık istatistiksel olarak anlamlı değildi (p>0,05). İşlemden 12-24 saat sonraki ortalama CRP seviyesi ise, hafif pankreatiti olanlarda 30,8 ± 14,24 mg/l, orta derecede pankreatiti olanlarda ise 77,5 ± 48,66 mg/l idi ve farklılık istatistiksel olarak anlamlıydı (p<0,05). İşlemden 36-48 saat sonra ortalama CRP seviyesi, hafif pankreatiti olanlarda 37,7 ± 20,73 mg/l, orta derecede pankreatiti olanlarda 84,6 ± 48,31 mg/l bulundu ve burada da farklılık anlamlı düzeydi (p<0,05) (Tablo 4). Hafif ve orta derecede pankreatiti olanların CRP seyirleri şekil   değerleri baz alınarak hafif veya orta şiddette pankreatit gelişen hastalar karşılaştırıldığında hem 12-24. saat hem de 3648. saat serum CRP seviyeleri arasında yaş, cinsiyet ve ERKP 464 | Journal of Clinical and Analytical Medicine ERKP Sonrası Pankreatitte CRP / CRP in the Post-ERCP Pancreatitis tanıları açısından anlamlı farklılık yoktu (12-24. saat için sırasıyla p=0.704, p=0.272, p= 0.742 ve 24-48. saat için sırasıyla p=0.678, p=0.330, p=0.844). İşlemden 12-24 saat sonra, çalışmaya alınan 136 hastanın 63’ünde (% 46) amilaz, 51’inde (% 38) ise lipaz seviyeleri, ERKP sonrası pankreatit olmadığı halde normalin üst sınırından daha fazla yükselmiş olarak saptandı. Ancak bu artış pankreatit gelişen hastalardakine oranla anlamlı olarak daha düşüktü. Bu hastalardaki ortalama amilaz seviyesi 227,3 ± 323,24 U/L, lipaz seviyesi ise 216,1 ± 350,93 U/L idi. Tartışma ERKP, morbidite ve mortalite ile ilişkili olabilecek çeşitli komplikasyonların görülebildiği bir işlemdir. ERKP sonrası, komplikasyon olmayan vakalarda da geçici pankreas enzim yükselmesi sık görülen bir durumdur. Literatürde ERKP sonrası asemptomatik hiperamilazemi sıklığı % 25-75 arasında bildirilmektedir [6-8]. Wozniak ve ark.’nın [9] yaptığı çalışmada bu oran, tanısal ERKP sonrası % 25, terapötik ERKP sonrası ise % 60 olarak bildirilmiştir. Bizim çalışmamızda da işlemden 12-24 saat sonra, komplikasyon olmayan hastaların % 46’sında amilaz, % 38’inde ise lipaz, pankreatitli hastalardakinden anlamlı olarak daha düşük olmak üzere normalin üst sınırından daha yüksek seviyelerde saptanmıştır. Pankreatit ERKP’nin en sık görülen komplikasyonudur. ERKP sonrası pankreatit sıklığı, çalışma dizaynlarına göre farklılık gösterebilmekle birlikte genellikle % 1-7 arasında değişen oranlarda bildirilmektedir [6,10,11]. Ancak bazı prospektif çalışmalarda % 11-23 arasında değişen daha yüksek oranlar da bildirilmiştir [7,9,12]. Pankreatit hastaların çoğunda hafif veya orta derecede olmakta ve semptomlarda hızlı düzelme görülmektedir, ancak % 30’a varan oranlarda ciddi pankreatit geliştiğini bildirilen çalışmalar da mevcuttur [8,12,13]. Çalışmamızda ERKP sonrası pankreatit % 17 oranında bulundu. Bu da hastaların % 39’unda hafif, % 61’inde ise orta derecedeydi, ciddi pankreatit görülmedi. Akut pankreatitte gelişen akut faz reaksiyonunda, akut faz proteinlerinin plasma konsantrasyonunda artış olmaktadır. Major insan akut faz proteinleri, CRP, alfa-1-antitripsin, alfa-1-asit glukoprotein, fibrinojen ve haptoglobindir. İnterlökin (İL)-6, İL-8, tümör nekroz faktör-alfa (TNF-α) ve interferon-gama gibi sitokinlerin bu akut faz reaktanlarının oluşumunu indüklediği gösterilmiştir [14]. Ancak equilibrium value of MeCpG steps (,+14 deg.) [31,44]. In comparison, methylation has a significantly lower stability cost when happening at major groove positions, such as 211 and 21 base pair from dyad (mutations 9 and 12), where the roll of the nucleosome bound conformation (+10 deg.) is more compatible with the equilibrium geometry of MeCpG steps. The nucleosome destabilizing effect of cytosine methylation increases with the number of methylated cytosines, following the same position dependence as the single methylations. The multiple-methylation case reveals that each major groove meth- PLOS Computational Biology | www.ploscompbiol.org 3 November 2013 | Volume 9 | Issue 11 | e1003354 DNA Methylation and Nucleosome Positioning ylation destabilizes the nucleosome by around 1 kJ/mol (close to the average estimate of 2 kJ/mol obtained for from individual methylation studies), while each minor groove methylation destabilizes it by up to 5 kJ/mol (average free energy as single mutation is around 6 kJ/mol). This energetic position-dependence is the reverse of what was observed in a recent FRET/SAXS study [30]. The differences can be attributed to the use of different ionic conditions and different sequences: a modified Widom-601 sequence of 157 bp, which already contains multiple CpG steps in mixed orientations, and which could assume different positioning due to the introduction of new CpG steps and by effect of the methylation. The analysis of our trajectories reveals a larger root mean square deviation (RMSD) and fluctuation (RMSF; see Figures S2– S3 in Text S1) for the methylated nucleosomes, but failed to detect any systematic change in DNA geometry or in intermolecular DNA-histone energy related to methylation (Fig. S1B, S1C, S4–S6 in Text S1). The hydrophobic effect should favor orientation of the methyl group out from the solvent but this effect alone is not likely to justify the positional dependent stability changes in Figure 2, as the differential solvation of the methyl groups in the bound and unbound states is only in the order of a fraction of a water molecule (Figure S5 in Text S1). We find however, a reasonable correlation between methylation-induced changes in hydrogen bond and stacking interactions of the bases and the change in nucleosome stability (see Figure S6 in Text S1). This finding suggests that methylation-induced nucleosome destabilization is related to the poorer ability of methylated DNA to fit into the required conformation for DNA in a nucleosome. Changes in the elastic deformation energy between methylated and un-methylated DNA correlate with nucleosomal differential binding free energies To further analyze the idea that methylation-induced nucleosome destabilization is connected to a worse fit of methylated DNA into the required nucleosome-bound conformation, we computed the elastic energy of the nucleosomal DNA using a harmonic deformation method [36,37,44]. This method provides a rough estimate of the energy required to deform a DNA fiber to adopt the super helical conformation in the nucleosome (full details in Suppl. Information Text S1). As shown in Figure 2, there is an evident correlation between the increase that methylation produces in the elastic deformation energy (DDE def.) and the free energy variation (DDG bind.) computed from MD/TI calculations. Clearly, methylation increases the stiffness of the CpG step [31], raising the energy cost required to wrap DNA around the histone octamers. This extra energy cost will be smaller in regions of high positive roll (naked DNA MeCpG steps have a higher roll than CpG steps [31]) than in regions of high negative roll. Thus, simple elastic considerations explain why methylation is better tolerated when the DNA faces the histones through the major groove (where positive roll is required) that when it faces histones through the minor groove (where negative roll is required). Nucleosome methylation can give rise to nucleosome repositioning We have established that methylation affects the wrapping of DNA in nucleosomes, but how does this translate into chromatin structure? As noted above, accumulation of minor groove methylations strongly destabilizes the nucleosome, and could trigger nucleosome unfolding, or notable changes in positioning or phasing of DNA around the histone core. While accumulation of methylations might be well tolerated if placed in favorable positions, accumulation in unfavorable positions would destabilize the nucleosome, which might trigger changes in chromatin structure. Chromatin could in fact react in two different ways in response to significant levels of methylation in unfavorable positions: i) the DNA could either detach from the histone core, leading to nucleosome eviction or nucleosome repositioning, or ii) the DNA could rotate around the histone core, changing its phase to place MeCpG steps in favorable positions. Both effects are anticipated to alter DNA accessibility and impact gene expression regulation. The sub-microsecond time scale of our MD trajectories of methylated DNAs bound to nucleosomes is not large enough to capture these effects, but clear trends are visible in cases of multiple mutations occurring in unfavorable positions, where unmethylated and methylated DNA sequences are out of phase by around 28 degrees (Figure S7 in Text S1). Due to this repositioning, large or small, DNA could move and the nucleosome structure could assume a more compact and distorted conformation, as detected by Lee and Lee [29], or a slightly open conformation as found in Jimenez-Useche et al. [30]. Using the harmonic deformation method, we additionally predicted the change in stability induced by cytosine methylation for millions of different nucleosomal DNA sequences. Consistently with our calculations, we used two extreme scenarios to prepare our DNA sequences (see Fig. 3): i) all positions where the minor grooves contact the histone core are occupied by CpG steps, and ii) all positions where the major grooves contact the histone core are occupied by CpG steps. We then computed the elastic energy required to wrap the DNA around the histone proteins in unmethylated and methylated states, and, as expected, observed that methylation disfavors DNA wrapping (Figure 3A). We have rescaled the elastic energy differences with a factor of 0.23 to match the DDG prediction in figure 2B. In agreement with the rest of our results, our analysis confirms that the effect of methylation is position-dependent. In fact, the overall difference between the two extreme methylation scenarios (all-in-minor vs all-in-major) is larger than 60 kJ/mol, the average difference being around 15 kJ/ mol. We have also computed the elastic energy differences for a million sequences with CpG/MeCpG steps positioned at all possible intermediate locations with respect to the position (figure 3B). The large differences between the extreme cases can induce rotations of DNA around the histone core, shifting its phase to allow the placement of the methylated CpG steps facing the histones through the major groove. It is illustrative to compare the magnitude of CpG methylation penalty with sequence dependent differences. Since there are roughly 1.5e88 possible 147 base pairs long sequence combinations (i.e., (4n+4(n/2))/2, n = 147), it is unfeasible to calculate all the possible sequence effects. However, using our elastic model we can provide a range of values based on a reasonably large number of samples. If we consider all possible nucleosomal sequences in the yeast genome (around 12 Mbp), the energy difference between the best and the worst sequence that could form a nucleosome is 0.7 kj/mol per base (a minimum of 1 kJ/mol and maximum of around 1.7 kJ/mol per base, the first best and the last worst sequences are displayed in Table S3 in Text S1). We repeated the same calculation for one million random sequences and we obtained equivalent results. Placing one CpG step every helical turn gives an average energetic difference between minor groove and major groove methylation of 15 kJ/ mol, which translates into ,0.5 kJ/mol per methyl group, 2 kJ/ mol per base for the largest effects. Considering that not all nucleosome base pair steps are likely to be CpG steps, we can conclude that the balance between the destabilization due to CpG methylation and sequence repositioning will depend on the PLOS Computational Biology | www.ploscompbiol.org 4 November 2013 | Volume 9 | Issue 11 | e1003354 DNA Methylation and Nucleosome Positioning Figure 3. Methylated and non-methylated DNA elastic deformation energies. (A) Distribution of deformation energies for 147 bplong random DNA sequences with CpG steps positioned every 10 base steps (one helical turn) in minor (red and dark red) and major (light and dark blue) grooves respectively. The energy values were rescaled by the slope of a best-fit straight line of figure 2, which is 0.23, to por la lectura a través de la lectura de la prensa. La educación en los medios las fuerzas dispersas en función de los soportes mediáticos y orientarse más hacia la educación en medios que al dominio adquiere pleno derecho y entidad en la sección sexta titulada «competencias sociales y cívi- técnico de los aparatos. cas» que indica que «los alum- nos deberán ser capaces de juz- gar y tendrán espíritu crítico, lo que supone ser educados en los las programaciones oficiales, ya que, a lo largo de un medios y tener conciencia de su lugar y de su influencia estudio de los textos, los documentalistas del CLEMI en la sociedad». han podido señalar más de una centena de referencias a la educación de los medios en el seno de disciplinas 4. Un entorno positivo como el francés, la historia, la geografía, las lenguas, Si nos atenemos a las cifras, el panorama de la las artes plásticas : trabajos sobre las portadas de educación en medios es muy positivo. Una gran ope- prensa, reflexiones sobre temas mediáticos, análisis de ración de visibilidad como la «Semana de la prensa y publicidad, análisis de imágenes desde todos los ángu- de los medios en la escuela», coordinada por el CLE- los, reflexión sobre las noticias en los países europeos, MI, confirma año tras año, después de 17 convocato- información y opinión rias, el atractivo que ejerce sobre los profesores y los Esta presencia se constata desde la escuela mater- alumnos. Concebida como una gran operación de nal (2 a 6 años) donde, por ejemplo, se le pregunta a complementariedad entre la escuela y los profesiona- los niños más pequeños si saben diferenciar entre un les de los medios, alrededor del aprendizaje ciudada- periódico, un libro, un catálogo, a través de activida- no de la comunicación mediática, este evento moviliza des sensoriales, si saben para qué sirve un cartel, un durante toda una semana un porcentaje elevado de periódico, un cuaderno, un ordenador si son capa- centros escolares que representan un potencial de 4,3 ces de reconocer y distinguir imágenes de origen y de millones de alumnos (cifras de 2006). Basada en el naturaleza distintas. Podríamos continuar con más voluntariado, la semana permite desarrollar activida- ejemplos en todos los niveles de enseñanza y práctica- des más o menos ambiciosas centradas en la introduc- Páginas 43-48 ción de los medios en la vida de la escuela a través de la instalación de kioscos, organización de debates con profesionales y la confección por parte de los alumnos de documentos difundidos en los medios profesionales. Es la ocasión de dar un empujón a la educación en medios y de disfrutarlos. Los medios –un millar en 2006– se asocian de maneras diversas ofreciendo ejemplares de periódicos, acceso a noticias o a imágenes, proponiendo encuentros, permitiendo intervenir a los jóvenes en sus ondas o en sus columnas Esta operación da luz al trabajo de la educación en medios y moviliza a los diferentes participantes en el proyecto. 5. La formación de los docentes La formación es uno de los pilares principales de la educación en los medios. Su función es indispensable ya que no se trata de una disciplina, sino de una enseñanza que se hace sobre la base del voluntariado y del compromiso personal. Se trata de convencer, de mostrar, de interactuar. En primer lugar es necesario incluirla en la formación continua de los docentes, cuyo volumen se ha incrementado desde 1981 con la aparición de una verdadera política de formación continua de personal. Es difícil dar una imagen completa del volumen y del público, pero si nos atenemos a las cifras del CLEMI, hay más de 24.000 profesores que han asistido y se han involucrado durante 2004-05. 5.1. La formación continua En la mayoría de los casos, los profesores reciben su formación en contextos cercanos a su centro de trabajo, o incluso en este mismo. Después de una política centrada en la oferta que hacían los formadores, se valora más positivamente la demanda por parte del profesorado, ya que sólo así será verdaderamente fructífera. Los cursos de formación se repartieron en varias categorías: desde los formatos más tradicionales (cursos, debates, animaciones), hasta actividades de asesoramiento y de acompañamiento, y por supuesto los coloquios que permiten un trabajo en profundidad ya que van acompañados de expertos investigadores y profesionales. Citemos, por ejemplo en 2005, los coloquios del CLEMI-Toulouse sobre el cine documental o el del CLEMI-Dijon sobre «Políticos y medios: ¿connivencia?». Estos coloquios, que forman parte de un trabajo pedagógico regular, reagrupan a los diferentes participantes regionales y nacionales alrededor de grandes temas de la educación en medios y permiten generar nuevos conocimientos de aproximación y una profundización. Páginas 43-48 Hay otro tipo de formación original que se viene desarrollando desde hace menos tiempo, a través de cursos profesionales, como por ejemplo, en el Festival Internacional de Foto-periodismo «Visa para la imagen», en Perpignan. La formación se consolida en el curso, da acceso a las exposiciones, a las conferencias de profesionales y a los grandes debates, pero añade además propuestas pedagógicas y reflexiones didácticas destinadas a los docentes. Estas nuevas modalidades de formación son también consecuencia del agotamiento de la formación tradicional en las regiones. Los contenidos más frecuentes en formación continua conciernen tanto a los temas más clásicos como a los cambios que se están llevando a cabo en las prácticas mediáticas. Así encontramos distintas tendencias para 2004-05: La imagen desde el ángulo de la producción de imágenes animadas, el análisis de la imagen de la información o las imágenes del J.T. La prensa escrita y el periódico escolar. Internet y la información en línea. Medios y educación de los medios. 5.2 La formación inicial La formación inicial está aun en un grado muy ini- cial. El hecho de que la educación en medios no sea una disciplina impide su presencia en los IUFM (Institutos Universitarios de Formación de Maestros) que dan una prioridad absoluta a la didáctica de las disciplinas. En 2003, alrededor de 1.400 cursillistas sobre un total de 30.000 participaron en un momento u otro de un módulo de educación en medios. Estos módulos se ofrecen en función del interés que ese formador encuentra puntualmente y forman parte a menudo de varias disciplinas: documentación, letras, historia-geografía Estamos aún lejos de una política concertada en este dominio. La optativa «Cine-audiovisual» ha entrado desde hace muy poco tiempo en algunos IUFM destinada a obtener un certificado de enseñanza de la opción audiovisual y cine. Internet tiene cabida también en los cursos de formación inicial, recientemente con la aparición de un certificado informático y de Internet para los docentes, dirigido más a constatar competencias personales que a valorar una aptitud para enseñarlos. 6. ¿Y el futuro? El problema del futuro se plantea una vez más por la irrupción de nuevas técnicas y nuevos soportes. La difusión acelerada de lo digital replantea hoy muchas cuestiones relativas a prácticas mediáticas. Muchos Comunicar, 28, 2007 47 Comunicar, 28, 2007 Enrique Martínez-Salanova '2007 para Comunicar 48 trabajos que llevan el rótulo de la educación en medios solicitan una revisión ya que los conceptos cambian. La metodología elaborada en el marco de la educación en medios parece incluso permitir la inclinación de la sociedad de la información hacia una sociedad del conocimiento, como defiende la UNESCO. En Francia, se necesitaría unir las fuerzas dispersas en función de los soportes mediáticos y orientarse más hacia la educación en medios que al dominio técnico de los aparatos. Los avances recientes en el reconocimiento de estos contenidos y las competencias que supondrían podrían permitirlo. Referencias CLEMI/ACADEMIE DE BORDEAUX (Ed.) (2003): Parcours médias au collège: approches disciplinaires et transdisciplinaires. Aquitaine, Sceren-CRDP. GONNET, J. (2001): Education aux médias. Les controverses fécondes. Paris, Hachette Education/CNDP. SAVINO, J.; MARMIESSE, C. et BENSA, F. (2005): L’éducation aux médias de la maternelle au lycée. Direction de l’Enseignement Scolaire. Paris, Ministère de l’Education Nationale, Sceren/CNDP, Témoigner. BEVORT, E. et FREMONT, P. (2001): Médias, violence et education. Paris, CNDP, Actes et rapports pour l’éducation. – www.clemi.org: fiches pédagogiques, rapports et liens avec les pages régionales/académiques. – www.ac-nancy-metz.fr/cinemav/quai.html: Le site «Quai des images» est dédié à l’enseignement du cinéma et de l’audiovisuel. – www.france5.fr/education: la rubrique «Côté profs» a une entrée «education aux médias». – www.educaunet.org: Programme européen d’éducation aux risques liés à Internet. dResedfeleexliobnuetsacón Páginas 43-48
Significance of C-reactive Protein in the Endoscopic Retrograd Cholangiopancreatography Related Pancreatitis
RECENT ACTIVITIES
Autor
Documento similar
Tags

Endoscopic Retrograde Cholangiopancreatography

Pancreatitis

C Reactive Protein

Significance of C-reactive Protein in the Endoscopic Retrograd Cholangiopancreatography Related Pancreatitis

Livre